Nazwa „bakteria” powstała od łacińskiego wyrazu bacterium „bakteria”, ten zaś pochodzi od greckiego βακτηρία (bakteria) „kij, laska”. W nazewnictwie bakterii obowiązuje powszechnie przyjęty system binominalny Karola Linneusza. Nazwa gatunkowa składa się z dwu członów – nazwy rodzajowej i gatunkowej. Nazwa rodzajowa zawsze zapisywana jest wielką literą, a gatunkowa małą, obie kursywą. W tekście dla ułatwienia, aby nie powtarzać pełnych nazw rodzajowych, stosuje się skrót do pierwszej litery, np. Lactococcus lactis – L. lactis, Proteus vulgaris – P. vulgaris, Staphylococcus aureus – S. aureus, Streptococcus pneumoniae – S. pneumoniae. Formy przymiotnikowe powstałe od nazw bakterii lub nazwy używane w liczbie mnogiej pisane są bez kursywy i małą literą, np. ang. staphylococcal enzymes, łac. lactobacilli. W obrębie niektórych rodzajów bakterii, np. Salmonella, preferowany zapis nazwy łacińskiej powinien zawierać nazwę rodzajową, gatunkową (sp.), ewentualny podgatunek (ssp.) oraz nazwę serowaru/serotypu (sv.) zapisywaną wielką literą i bez kursywy, np. Salmonella enterǐca ssp. Enterǐca sv. Typhimurium (pałeczka duru mysiego).